種子植物・シダ植物
アマミスミレ 絶滅危惧IA類
アマミクサアジサイ 絶滅危惧IA類
アマミイワウチワ 絶滅危惧IA類
アマミヒイラギモチ 絶滅危惧IA類
アマミカタバミ 絶滅危惧IA類
アマミラッキョウ
アマミクサアジサイ 絶滅危惧IA類
アマミサンショウソウ
アマミザンショウ
アマミノフユイチゴ
アマミイケマ
アマミタムラソウ
アマミテンナンショウ
アマミシマアザミ
オオシマウツギ
オオシマムラサキ
オオシマガマズミ
タイワンツクバネウツギ 絶滅危惧IA類
コバノアマミフユイチゴ 絶滅危惧IA類
ヒロハタマミズキ 絶滅危惧IA類
シロバナサクラツツジ
ヤドリコケモモ 絶滅危惧IA類
ヒメミヤマコナスビ 絶滅危惧IA類
オオシマハグマ
コバケイスゲ
サツマオモト
アマミイナモリ
ウケユリ 絶滅危惧IA類
ミヤビカンアオイ
フジノカンアオイ
オオフジノカンアオイ
ヤンマカンアオイ
グスクカンアオイ
トリガミネカンアオイ
オオバカンアオイ
カケロマカンアオイ
ホソバイワガネソウ |
オキナワマツバボタン 絶滅危惧IA類
イヌイノモトソウ 絶滅危惧IA類
アマミエビネ 絶滅危惧IA類
カクチョウラン 絶滅危惧IA類
コゴメキノエラン 絶滅危惧IA類
ホウサイラン 絶滅危惧IA類
アマミデンダ 絶滅危惧IA類
カンラン 絶滅危惧IA類
クスクスラン 絶滅危惧IA類
ナゴラン 絶滅危惧IA類
コビトホラシノブ 絶滅危惧IA類
リュウキュウヒモラン 絶滅危惧IA類
シマタキミシダ 絶滅危惧IA類
タイワンアマクサシダ 絶滅危惧IA類
アマミアオネカズラ
ユワンツチトリモチ
ユワンドコロ 絶滅危惧IA類
ヒメタツナミソウ（喜界島） 絶滅危惧IA類
ハツシマカンアオイ（徳之島）
トクノシマカンアオイ（徳之島）
トクノシマスゲ（徳之島）
トクノシマエビネ（徳之島）
オオアマミフユイチゴ（徳之島）
オオアマミテンナンショウ（徳之島）
トクノシマテンナンショウ（徳之島） 絶滅危惧IA類
蘚苔類
ケハネゴケモドキ 絶滅危惧I類
アマミウロコゴケ 絶滅危惧II類
ミドリツノゴケ（徳之島） 絶滅危惧II類
アマミクラマゴケ 固有種
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